’Pada tahun 1996 di desa Banyuputih, Madrasah Diniyah Wustho didirikan oleh Muhammad Alfan beserta Umar Mansyur, dengan Nama Matholi’ul Ulum. Namanya sama dengan nama Madrasah Diniyah Awaliyah, karena Wustho merupakan pendidikan lanjutan dari  tingkat Awaliyah. Awal pendirian mendapatkan murid sekitar 30 murid, dengan jam belajar mulai setelah waktu magrib, yaitu pukul 18.15 dan pulang pukul 20.00.’’Tahun 1998-1999 terjadi gejolak politik dimana sebagian masyarakat Banyuputih menentang keberadaan Madrasah Diniyah Wustho ini. Ada beberapa upaya dari sebagian oknum masyarakat berusaha menutup dan mengganggu aktivitas Madrasah. Dengan keteguhan dan kesabaran para pengajar dan murid-murid, kegiatan belajar dan mengajar tetap bisa berjalan dengan baik.’’Tahun 2008 terjadi konflik internal pengurus lembaga yang mengakibatkan Madrasah Diniyah Wustho harus terpisah dengan Madrasah Diniyah Awaliyah, kemudian namanya dirubah menjadi Bahrul Ulum. ’’Tahun 2015 Madrasah Diniyah Wustho Bahrul Ulum mulai menata kelembagaannya dengan pendirian Yayasan dan pengajuan ijin operasional. Terbentuklah yayasan dengan nama Bahrul Ulum Jepara, dengan akta Notaris  nomor 87/2015 dan Surat Keputusan dari kemenkumham, nomor SK : AHU-0030541.AH.01.04.Tahun 2015. Kemudian dilanjutkan pengurusan untuk Ijin Operasional kepada Kemenag kabupaten Jepara, terbitlah Ijin Operasional yang pertama dan mendapatkan nomor Statistik Madrasah, 321233200755. Selain itu Madrasah Diniyah Wustho Bahrul Ulum juga mulai bergabung dengan satuan pendidikan LP Ma’arif NU kabupaten Jepara.